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大连海洋大学学报  2016, Vol. 31 Issue (5): 516-532    DOI: 10.16535/j.cnki.dlhyxb.2016.05.008
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微卫星标记在人工养殖小体鲟种群的数据分析方法比较和遗传多样性分析
董颖1、2、3,杨瑞1,姜志强1,胡红霞2、3
1.大连海洋大学水产与生命学院,辽宁大连116023;2.北京市水产科学研究所,北京100068;3.渔业生物技术北京市重点实验室,北京100068
Com parativemethods of reading data derived from genetic diversity analysis by m icrosatellite loci in farmed sterlet Acipenser ruthenus population
DONG Ying1,2,3,YANG Rui1,JIANG Zhi-qiang1,HU Hong-xia2,3
1.College of Fisheries and Life Science,Dalian Ocean University,Dalian 116023,China;2.Beijing Fisheries Research Institute,Beijing 100068,China;3.Beijing Key Laboratory of Fishery Biotechnology,Beijing 100068,China
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摘要 为获得可用于小体鲟Acipenser ruthenus种群遗传多样性分析的微卫星分子标记,采用跨种PCR扩增的方法从已发表的近缘种微卫星DNA标记引物中筛选得到13个具有多态性的位点,同时为了探讨更适合多倍体样品的微卫星数据读取方法,分别采用比例法和补齐法对微卫星数据进行分析。结果表明:两种数据读取方法的分析结果无显著性差异(P>0.05);本研究中选用补齐法对小体鲟种群遗传多样性进行分析,结果显示,小体鲟种群等位基因数(Na)从5个到30个不等,表观杂合度(HO)范围为0.089 6~0.940 3,平均为0.648 0,期望杂合度(He)范围为0.085 2~0.912 6,平均为0.719 3,种群Hardy-Weinberg平衡遗传偏离指数(d)平均为-0.098 0,种群多态信息含量(PIC)平均为0.702 8;筛选得到的13个微卫星位点是适用于小体鲟种群遗传研究的具有多态性的良好分子标记。研究表明,被检测的小体鲟养殖种群存在一定程度的近交现象,建议通过引进不同来源亲本加以改善,以增加种群遗传多样性的丰富度。
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董颖
杨瑞
姜志强
胡红霞
关键词:  小体鲟  微卫星  跨种扩增  遗传多样性    
Abstract: Thirteen microsatellite lociwere amplified from sterlet Acipenser ruthenus using published cross-species primers for polymorphism analysis.A proportion method and a filling method were comparatively used for reading data derived from microsatellite in order to find the suitablemethod.The results showed that there was no significant difference(P>0.05)between the twomethods so that fillingmethod was chosen for the genetic diversity analysis in the following study.The observed number of alleles per locuswas ranged from 5 to 30,and the levels of observed and expected heterozygosities for polymorphic lociwere changed from 0.089 6 to 0.940 3 and from 0.085 2 to 0.912 6,respectively,with average of0.648 0 and 0.719 3.Therewas average Hardy-Weinberg departure value(d)of-0.098 0 and average polymorphism information content(PIC)of0.702 8,indicating that polymorphic lociwere all suitablemolecularmarkers for genetic analysis of sterlet population.The genetic diversity analysis revealed that the test farmed sterlet population had inbreeding to a certain extent.It is suggested that the genetic diversity of the population be improved by introduction of different broodstocks.
Key words:  Acipenser ruthenus    microsatellite    cross-species amplification    genetic diversity
                    发布日期:  2016-12-30      期的出版日期:  2016-10-21
中图分类号:  S917.4  
引用本文:    
董颖, 杨瑞, 姜志强, 胡红霞. 微卫星标记在人工养殖小体鲟种群的数据分析方法比较和遗传多样性分析[J]. 大连海洋大学学报, 2016, 31(5): 516-532.
DONG Ying, YANG Rui, JIANG Zhi-qiang, HU Hong-xia, . Com parativemethods of reading data derived from genetic diversity analysis by m icrosatellite loci in farmed sterlet Acipenser ruthenus population. Journal of Dalian Ocean University, 2016, 31(5): 516-532.
链接本文:  
https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/10.16535/j.cnki.dlhyxb.2016.05.008  或          https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/Y2016/V31/I5/516
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