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大连海洋大学学报  2006, Vol. 21 Issue (2): 95-99    DOI: 10.3969/j.issn.1000-9957.2006.02.001
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刺参微卫星DNA分子标记的分离及筛选
丁君,曹洁,李润玲,孙效文,常亚青
大连水产学院,农业部海洋水产增养殖学与生物技术重点开放实验室,辽宁,大连,
Isolation of microsatellite markers and screening microsatellite markers from sea cucumber （Apostichopus japonicus）
DING Jun, CAO Jie, LI Run - ling, SUN Xiao - wen
Key Laboratory of Mariculture ＆ Biotechnology Agriculture Ministry, PRC, Dalian Fisheries CHANG Ya - qing Univ. , Dalian 116023, China
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摘要 采用磁珠富集法分离刺参Apostichopus japonicus的微卫星分子标记，共获得阳性克隆123个，其中106个含微卫星DNA序列。分析结果表明：完美型有48个，占45．28％，非完美型有39个，占36．79％，复合型有19个，占17．92％；重复碱基数以双核苷酸重复最常见，占84．91％，双核苷酸中又以CA／GT重复所占比例最大；在重复次数方面，以重复数为3-10次、11-18次和≥35次最为常见，各占39．62％、26．42％和16．98％，重复数达100次以上的有5个，最多的达到148次，有28个微卫星序列微卫星含量丰富。筛选的22对引物中，可产生出扩增产物的有17对，其中16对引物的产物带在预测区域内出现；有7对引物在中国、俄罗斯刺参模板中表现出多态性。文中还对刺参微卫星的特点进行分析，对刺参微卫星引物的PCR筛选结果进行了探讨。
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关键词:  微卫星DNA  刺参  磁珠富集    
Abstract: In the present study, microsatellites DNA was isolated and enriched from genome of sea cucumber （Apostichopusjaponicus） by magnetic beads 123 positive clones and 106 microsatellite sequence were obtained. The microsatellite sequences were structurally categorized into follows： perfect 48 （45.28%）, imperfect 39 （36. 79% ） ,and compound 19 （ 17.92% ）. Besides the CA/GT contained in the oligoprobe, CATA, CT,CCA,GA, CACT, CAA, and CACAGA repeats were found. Among the microsatellite repeats, relatively short arrays were abundant, the repeating frequence of 3 - 10, 11 - 18 and ≥35 accounted for 39.62%, 26. 42% and 16.98%, respectively. The largest array contained 148 repeats. This study will enrich microsatellite markers of sea cucumber. Base on the flanking sequence of the microsatellite loci, 22 pairs of microsatellite primer were designed and applied to investigate the polymorphism in populations of Chinese and Russian sea cucumber populations. 17 pairs of primer generated PCR amplification products, and 7 of them yield polymorphic products that can be used in the study of population genetics and genetic mapping.
Key words:  Microsatellite DNA    Apostichopus japonicus    enrichment by magnetic beads
               出版日期:  2006-04-21      发布日期:  2016-12-30      期的出版日期:  2006-04-21
中图分类号:  Q751  
引用本文:    
丁君, 曹洁, 李润玲, 孙效文, 常亚青. 刺参微卫星DNA分子标记的分离及筛选[J]. 大连海洋大学学报, 2006, 21(2): 95-99.
DING Jun, CAO Jie, LI Run - ling, SUN Xiao - wen. Isolation of microsatellite markers and screening microsatellite markers from sea cucumber （Apostichopus japonicus）. Journal of Dalian Ocean University, 2006, 21(2): 95-99.
链接本文:  
https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/10.3969/j.issn.1000-9957.2006.02.001  或          https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/Y2006/V21/I2/95
[1] 王涵, 王浩娜, 赵业. 刺参肠道组织结构及消化酶活性分析[J]. 大连海洋大学学报, 2022, 37(5): 823-829.
[2] 马得友, 于莲莲, 林威港, 汪成粱, 丁君, 常亚青. 刺参Wnt9基因克隆、组织分布及在胚胎发育中的表达分析[J]. 大连海洋大学学报, 2022, 37(3): 394-402.
[3] 王研, 高思祺, 匡倩瑶, 刘怡宁, 田燚?. 刺参3个盐度相关microRNA及预测靶基因的表达模式分析[J]. 大连海洋大学学报, 2022, 37(2): 212-220.
[4] 李成华. 刺参腐皮综合征发生的分子调控机制研究进展[J]. 大连海洋大学学报, 2021, 36(3): 355-373.
[5] 赵谭军, 尹文露, 邹炀, 刘丽, 宋坚, 常亚青, 湛垚垚. 刺参精子冷冻保存方法研究[J]. 大连海洋大学学报, 2021, 36(1): 57-65.
[6] 时嘉赓, 冯艳微, 姜绪, 刘相全. 不同藻类与混养比例对刺参与马粪海胆生长、体成分和消化酶活性的影响[J]. 大连海洋大学学报, 2020, 35(4): 509-515.
[7] 白伟, 吴香莹, 左然涛, 常亚青. 饲料中添加不同海藻对刺参幼参生长、免疫、消化及营养组成的影响[J]. 大连海洋大学学报, 2020, 35(2): 169-176.
[8] 李静, 刘佳亮, 曹学彬, 王福辰, 李君华, 郑龙华, 郭治诚, 孙路平, 刘石林. 光照对白刺参、青刺参和紫刺参生长、消化及免疫的影响[J]. 大连海洋大学学报, 2020, 35(2): 184-189.
[9] 陈雷、, 姚锋, 唐爽, 郭良勇, 王珊, 方蕾, 秦玉雪, 尹增强, 侯林. 刺参多功能表皮生长因子6 (megf6) cDNA克隆及在肠再生过程中的表达分析[J]. 大连海洋大学学报, 2020, 35(2): 239-246.
[10] 包鹏云, 李璐瑶, 徐哲, 陈炜, 丁鉴锋, 马悦欣. 海洋红酵母H26对刺参幼参生长、免疫指标和肠道菌群的影响[J]. 大连海洋大学学报, 2019, 34(5): 615-622.
[11] 曹学彬, 王福辰, 刘佳亮, 李静, 王俊杰, 李君华, 张志伟, 刘石林. 刺参速生耐高温品系生长性能及高温期摄食性能分析[J]. 大连海洋大学学报, 2019, 34(5): 623-628.
[12] 赵小然, 李艳, 王莉芬, 常亚青, 王斌. 刺参体腔细胞表面抗原分类及体壁组织中免疫细胞的研究[J]. 大连海洋大学学报, 2019, 34(4): 470-474.
[13] 林青, 张东升, 魏亚南, 孙广伟, 雷兆霖, 陈济丰, 郭超, 周玮. 3种水质调控方式对刺参池塘浮游植物种群结构的影响[J]. 大连海洋大学学报, 2019, 34(4): 566-572.
[14] 梁春蕾, 任媛, 王轶南, 李强, 杨欢, 李振. 不同规格野生和养殖刺参体腔细胞数量与体腔液免疫酶活性的比较研究[J]. 大连海洋大学学报, 2019, 34(3): 316-322.
[15] 郭超, 张东升, 林青, 陈济丰, 魏亚南, 孙广伟, 雷兆霖, 周玮. 3种水质调控方式下春季参池环境及刺参肠道的细菌群落结构[J]. 大连海洋大学学报, 2019, 34(3): 338-344.
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