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大连海洋大学学报  2011, Vol. 26 Issue (6): 507-513    DOI: 10.3969/j.issn.1000-9957.2011.06.006
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双齿围沙蚕CYP4基因的克隆及序列分析
周一兵,陈雪,杨大佐,万良,王斌,王丽丽,孙静波
大连海洋大学辽宁省海洋生物资源恢复与生境修复重点实验室 国家海洋环境监测中心 宝生物工程大连有限公司
Cloning and sequence analysis of cytochrome CYP4 family in polychaete Perinereis aibuhitensis
ZHOU Yi-bing, CHEN Xue , YANG Da-zuo , WAN Liang , WANG Bin, WANG LI-li, SUN Jing-bo
1. Key Laboratory of Marine Bio-resources Restoration and Habitat Reparation in Liaoning Province, Dalian Ocean University, Dalian 116023 ,China; 2. National Marine Environmental Monitoring Center, Dalian 116023, China,3. Takara Biotechnology ( Dalian ) Co, LTD, Dalian 116600, China
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摘要 根据已知的绿沙蚕Nereisvirens细胞色素氧化酶CYP342A1保守区设计引物,采用RACE技术首次从双齿围沙蚕Perinereisaibuhitensis体壁肌肉中克隆出细胞色素氧化酶CYP4基因全长序列。分析结果表明,该序列全长为1857bp,5’端非翻译区为186bp,3’端非翻译区为225bp,阅读框为1446bp,编码为481个氨基酸。第422~431氨基酸序列符合P450所具有的结构保守共有序列FxxGxxxCxG,第319~322氨基酸序列为K螺旋特征基序ExxR区,第282~294氨基酸序列含有CYP4家族特征序列EVDTFMFEGHDTr。经Blast与GenBank中已知物种的氨基酸序列进行同源性比对,CYP4与多毛类绿沙蚕Nereisvirens CYP4BB1、CYP342A1(AY453408)氨基酸同源性为73%、36%,与多毛类小头虫CapiteUacapitataCYP4ATI(AY574044)同源性为39%。据此推断,双齿围沙蚕CYP4基因属于CYP4B亚家族。
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周一兵
陈雪
杨大佐
万良
王斌
王丽丽
孙静波
关键词:  双齿围沙蚕  CYP4  RACE  生物信息学分析    
Abstract: In the present study, the partial cDNA of CYP4 was amplified from the total RNA of epidermis muscle of the polychaete,Perinereis aibuhitensis, by reverse transcription with the primers based upon the CYP342A1 from Nereis virens. Then other primers were designed according to the partial gene of Perinereis aibuhitensis CYP4, and two fragments about 371 bp and 1044 bp were obtained by using 3' RACE and 5' RACE. Sequence analysis revealed a 1857 bp cDNA containing the 186 bp 5'-untranslated region,225 bp 3' -untranslated regions and 1 446 bp open reading frame encoding 481 amino acid. The identity rate of deduced amino acid sequence of CYP4 was subjected to Blast searching in NCBI. The results showed that the CYP4 shared 73% identity with CYP4BB1,36% identity with CYP342A1 of Nereis virens and 39% identity with CYP4AT1 of Capitella capitate. The deduced amino acid sequence of CYP4 contained the conserved motifs of P450 family(FxxGxxxCxG) and had K-helix motifs of P450 family (ExxR). In addition, it has the characteristic sequences of CYP4 family (EVDTFMFEGHDTT). So it is in- ferred that the eDNA sequence might belong to the subfamily of CYP4B.
Key words:  Perinereis aibuhitensis    CYP4    RACE    sequence analysis
                    发布日期:  2016-12-30      期的出版日期:  2011-12-21
中图分类号:  Q78  
引用本文:    
周一兵, 陈雪, 杨大佐, 万良, 王斌, 王丽丽, 孙静波. 双齿围沙蚕CYP4基因的克隆及序列分析[J]. 大连海洋大学学报, 2011, 26(6): 507-513.
ZHOU Yi-bing, CHEN Xue , YANG Da-zuo , WAN Liang , WANG Bin, WANG LI-li, SUN Jing-bo. Cloning and sequence analysis of cytochrome CYP4 family in polychaete Perinereis aibuhitensis. Journal of Dalian Ocean University, 2011, 26(6): 507-513.
链接本文:  
https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/10.3969/j.issn.1000-9957.2011.06.006  或          https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/Y2011/V26/I6/507
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