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大连海洋大学学报  2017, Vol. 32 Issue (6): 658-663    DOI: 10.16535/j.cnki.dlhyxb.2017.06.004
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大竹蛏高通量转录组测序数据组装和分析
聂鸿涛1，2， 姜力文1， 郑梦鸽1， 李东东1， 闫喜武1，2
1.大连海洋大学水产与生命学院，辽宁大连116023；2.辽宁省贝类良种繁育工程技术研究中心，辽宁大连116023
Transcriptome data assembly and analysis of grand jackknife clam Solen grandis through high－throughput sequencing
NIE Hong－tao1，2， JIANG Li－wen1， ZHENG Meng－ge1， LI Dong－dong1， YAN Xi－wu1，2
1.College of Fisheries and Life Science， Dalian Ocean University， Dalian 116023， China； 2.Engineering Research Center of Shellfish Culture and Breeding in Liaoning Province， Dalian 116023， China
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摘要 为进一步开发大竹蛏Solen grandis的基因资源，采用2代Illumina Hi－seq测序技术对大竹蛏的鳃组织进行了转录组测序，构建了转录组数据库，获得338 483 476条Clean Reads数据；拼接组装后获得190 856条Unigene数据，平均长度为1147 bp；与NR、NT、KO、SwissProt、PFAM、GO、KOG等数据库进行Blast信息比对 (E－value为10－5)，共获得63 337个注释基因；与NR数据库比对发现，大竹蛏转录组基因序列与长牡蛎Crassostrea gigas具有较高的同源性，为53.3%；将大竹蛏转录组的Unigene的功能通过与KOG数据库进行注释比对划分为25类；GO数据库注释可分为三类，即细胞组分、生物过程和分子功能，共包括65个分支；KEGG分析发现，大竹蛏转录组数据中按照代谢通路可分为92类，利用Blast蛋白库比对和Estscan软件进行ORF预测，获得长度大于300 nt的ORF共50 681个；通过SSR分析，共获得73 089个SSR标记。本研究中获得的转录组信息可为今后进行大竹蛏分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据。
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聂鸿涛
姜力文
郑梦鸽
李东东
闫喜武
关键词:  大竹蛏  转录组  高通量测序  生物信息学分析    
Abstract: The Illumina Hi－seq sequencing technology was used to sequence the transcriptome in gills of grand jackknife clam Solen grandis and the data were analyzed by bioinformatics method to study the transcriptome of the grand jackknife clam.The transcriptome library of grand jackknife clam was found to contain 338 483 476 reads，and 190 856 Unigenes were obtained by assembling the Scaffolds in the transcriptome library，with an average length of 1147 bp.A total of 63 337 annotated genes were obtained compared with NR， KO， SwissProt， PFAM，GO， KOG and other databases for Blast(E－value 10－5).Comparing with the NR database， we found that the gene sequence in grand jackknife clam had a high homology(53.3%)with the Pacific oyster(Crassostrea gigas).Unigenes in the transcriptome of grand jackknife clam was divided into 25 classes according to the function by comparing Unigene with the KOG database.GO annotations was divided into 3 major categories:biological processes，cellular components and molecular functions including a total of 65 branches.The KEGG database revealed that the transcriptome data of grand jackknife clam was divided into 92 types according to the metabolic pathway.The ORF were predicted by Blast with protein database and estscan， 50 681 ORF with the length of more than 300 nt， and total of 73 089 SSR markers was found through repeat sequence motifs search and analysis.The transcriptome information in this study can provide the gene resources for cloning and functional analysis and molecular markers development of grand jackknife clam in the future.
Key words:  Solen grandis    transcriptome    high－throughput sequencing    bioinformatics analysis
                    发布日期:  2017-12-21      期的出版日期:  2017-12-21
中图分类号:  Q142  
  S968.3  
基金资助: 现代农业产业技术体系建设专项 (CARS－48)；辽宁省农业领域青年科技创新人才项目 (2014004)；大连市科技计划项目(2014B11NC092，2016RQ065)
引用本文:    
聂鸿涛, 姜力文, 郑梦鸽, 李东东, 闫喜武. 大竹蛏高通量转录组测序数据组装和分析[J]. 大连海洋大学学报, 2017, 32(6): 658-663.
NIE Hong－tao, JIANG Li－wen, ZHENG Meng－ge, LI Dong－dong, YAN Xi－wu, . Transcriptome data assembly and analysis of grand jackknife clam Solen grandis through high－throughput sequencing. Journal of Dalian Ocean University, 2017, 32(6): 658-663.
链接本文:  
https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/10.16535/j.cnki.dlhyxb.2017.06.004  或          https://xuebao.dlou.edu.cn/CN/Y2017/V32/I6/658
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