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3.
两种单色鲤皮肤转录组特征分析
史东杰, 张强, 伍仕弘, 高坚, 魏东, 张欣, 王赛赛, 孙砚胜, 姜巨峰, 李文通, 杨昊坤
大连海洋大学学报
2023, 38 (1):
22-31.
DOI: 10.16535/j.cnki.dlhyxb.2022-110
为了探究全红鲤(
Cyprinus
carpio
)和全黄鲤的基因资源,采用Illumina Hi-seq测序技术对两种单色鲤的皮肤进行转录组测序,并对差异表达基因进行注释和富集分析。结果表明:对体长为(33.42±0.24)cm的全红鲤和体长为(38.75±0.43)cm的全黄鲤皮肤测序,分别获得干净数据(clean reads)为129 222 850和130 869 572个;与Nr、Nt、COG、GO、KEGG、Pfam和Uniprot数据库中已知基因进行比对,分别有58 782、61 490、11 468、31 206、31 581、61 385和51 805个基因获得注释,7个数据库中均有注释的基因数为8 378个;在全红鲤和全黄鲤皮肤中存在4 822个差异表达基因,其中,显著上调1 929个,显著下调2 893个;取其中9个差异表达基因进行qRT-PCR验证,证实了转录组数据结果的可靠性;在差异表达基因中,筛选获得了部分参与体色调控的基因,包括
mitfa
、
ednrA
、
wnt
7、
agouti
和
mif
等;KEGG分析发现,差异表达基因极显著富集在甘露糖与果糖代谢、糖酵解/糖原异生途径、碳代谢、磷酸戊糖途径和酪氨酸代谢等43条通路;对酪氨酸代谢和黑色素合成通路分析发现,与红色素和黄色素合成相关的基因
mif
、
mif
4
g
、
agouti
、
ednrA
和
ednrB
等显著上调,与黑色素合成相关的基因
tyr
、
tyrp
1、
mitfa
和
wnt
7等显著下调;差异基因变异分析发现,全红鲤和全黄鲤中均存在的单核苷酸多态性标记(SNP)共388 673个。研究表明,两种单色鲤皮肤组织中差异表达基因主要富集在能量代谢、生长和免疫等通路中,获得的转录组信息可为今后锦鲤分子标记的开发及功能基因的克隆、编辑和功能分析等提供基础数据。
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